برنامج رعاية الطفولة يهدف الى المساهمة في تعليم الأطفال وتطوير قدراتهم الاجتماعية   حيث أولت  الجمعية موضوع تربية وتعليم الأطفال اهتماما خاصا باعتبارهم بناة المستقبل ويشمل :

-         روضة نموذجية تأسست عام 1973 و يشرف عليها طاقم من المعلمات المؤهلات و ذوات الخبرة العلمية المميزة و يشار إلى أن روضة جمعية طوباس الخيرية هي أول روضة تم تأسيسها على مستوى المحافظة و تضم حوالي 150 طفلا سنويا و قد خرجت منذ تأسيسها و حتى عام 2011 قرابة 4000 طفل .

حضانة أطفال و قد تم إلحاقها ضمن برامج الجمعية عام 2000م ، تقدم رعاية للأطفال والتعليم عن طريق اللعب وتساهم في تقديم خدمات صحية مجانية للأطفال.